Archive for 17 junio 2015

PhD opportunity: Thesis in Marine Microbial Ecology

junio 17, 2015

“ACLIMATACIÓN DE MICROORGANISMOS MARINOS AL CAMBIO CLIMÁTICO MEDIANTE TRANSCRIPTÓMICA EXPERIMENTAL”
Se oferta un contrato para la realización de tesis doctoral dentro del proyecto TECCAM, cuyo objetivo es estudiar la respuesta metabólica de microorganismos marinos al calentamiento oceánico. El proyecto se basará en el estudio de cultivos de microorganismos marinos modelo y aplicará técnicas de secuenciación masiva (“ómicas”) para comprender los cambios de expresión génica en respuesta a la temperatura y medir la inhibición o activación de distintas rutas metabólicas. Los resultados se integrarán en el marco teórico de la Teoría Metabólica de la Ecología (MTE), que predice cómo la temperatura afecta distintos procesos biológicos, y cómo éstos, a su vez, influyen en la regulación del metabolismo del ecosistema. Por tanto, el proyecto combinará trabajo en laboratorio con cultivos microbianos y técnicas moleculares, análisis bioinformáticos y la aplicación de Teoría Ecológica a datos experimentales.
El proyecto se llevará a cabo en el centro de Investigación Marina AZTI (Sukarrieta, Bizkaia), pero cuenta con alta implicación de investigadores asociados al Centro Oceanográfico de Gijón (IEO, Angel López-Urrutia) y a King Abdullah University of Science and Technology (KAUST) en Arabia Saudí, centros donde se preveen estancias a lo largo de la tesis. El equipo investigador tiene una amplia trayectoria científica con publicaciones en revistas internacionales de alto impacto y experiencia en formación de doctorandos. Las condiciones del contrato se pueden consultar en http://www.boe.es/diario_boe/txt.php?id=BOE-A-2015-6508
Requisitos
Grado o Licenciatura en Biología, Bioquímica o similar, y estar en disposición de estar matriculado o admitido en un programa de doctorado para el curso 2015/2016 en la fecha que se formalice el contrato.
Se valorará una alta motivación por la investigación, dominio del inglés y conocimientos relacionados con la temática del proyecto. Asímismo, se valorará (pero no es requisito imprescindible) el conocimiento de herramientas bioinformáticas, lenguaje R, y/o experiencia con cultivos de microorganismos.
Plazo de presentación
Del 15 al 29 de Junio de 2015 a las 15.00 (hora peninsular), en la web del MINECO http://www.idi.mineco.gob.es/portal/site/MICINN/menuitem.dbc68b34d11ccbd5d52ffeb801432ea0/?vgnextoid=fed2bf0be2c6d410VgnVCM1000001d04140aRCRD&vgnextchannel=11f35656ecfee310VgnVCM1000001d04140aRCRD
Para más información:
Laura Alonso Sáez (investigadora Principal)
AZTI, Unidad de Investigación Marina, e-mail laura@azti.es
https://www.researchgate.net/profile/Laura_Alonso-Saez

Anuncios

PhD opportunity: Phytoplankton Ecology

junio 17, 2015

Título: DesENtrañando el papel de las VItaminas del grupo B en la estructura de la
comunidad, actividad y suceSIÓN del plancton microbiano en un sistema de afloramiento
costero (ENVISION) (CTM2014‐59031‐P).
Investigadora principal: Eva Teira (Grupo de Oceanografía Biológica, Universidad de Vigo)
Resumen: La diversidad y actividad de los microbios marinos tiene una profunda influencia
sobre el ciclo global del carbono y ejerce un fuerte impacto en la regulación del clima, por lo
que es crucial comprender que factores regulan su crecimiento con el fin de poder predecir
mejor su respuesta ante el cambio global futuro. La mayoría de los estudios sobre los factores
que regulan la dinámica del plancton microbiano y la sucesión de especies se han centrado casi
exclusivamente en el papel que juegan los nutrientes inorgánicos y/o los metales traza. Sin
embargo, estudios recientes en aguas costeras sugieren que el fitoplancton podría estar
eventualmente limitado o co‐limitado por algún tipo de sustancia orgánica derivada del
metabolismo bacteriano, y que, por tanto, parece existir un acoplamiento trófico entre
fitoplancton y bacterioplancton que modula la respuesta de los productores primarios a las
entradas de nutrientes inorgánicos. El papel de los compuestos orgánicos en la regulación de
las comunidades microbianas planctónicas ha sido ignorado durante años, a pesar de que se
ha demostrado que la mayoría de las especies de fitoplancton necesitan una fuente externa de
vitaminas del grupo B para crecer. Una revisión de los datos genómicos disponibles indica que
una fracción importante de las bacterias heterótrofas también depende del suministro externo
de estas sustancias. A pesar de que el reciente descubrimiento de la existencia de extensas
regiones oceánicas donde la concentración de vitaminas del grupo B es extremadamente baja
sugiere que estos compuestos pueden jugar un papel crucial en la sucesión del plancton
microbiano y en el ciclo del carbono en grandes áreas del océano, el papel de estos factores
orgánicos no ha sido evaluado de forma adecuada en condiciones naturales.
Nuestra hipótesis general es que la disponibilidad de vitaminas del grupo B influye en la
abundancia, distribución y actividad del plancton microbiano en aguas costeras del NE del
océano Atlántico tanto a escalas temporales cortas como estacionales. El objetivo de ENVISION
es estudiar, por primera vez, la dinámica de las vitaminas del grupo B y su papel en la dinámica
del plancton microbiano a escalas espaciales y temporales adecuadas en una región altamente
productiva. Seguiremos una aproximación multidisciplinar, incluyendo análisis de correlación
entre variables físicas, químicas y biológicas derivadas de observaciones de campo,
experimentos de micro‐ y mesocosmos y herramientas moleculares más sofisticadas como
análisis metatranscriptómicos y microautorradiografía, con el fin de alcanzar los siguientes
objetivos: (1) describir la variabilidad espacial y temporal de las concentraciones de vitaminas
del grupo B (B1, B2, B6, B7 y B12) en relación con la composición de las comunidades de
fitoplancton y bacterioplancton en aguas costeras; (2) evaluar la variabilidad espacial y
temporal de la respuesta del fitoplancton y bacterioplancton a la adición experimental de
nutrientes inorgánicos y vitaminas B1 y B12 (separados o combinados) en aguas costeras; (3)
estudiar la influencia de la variabilidad temporal de corta escala en la disponibilidad de
vitaminas del grupo B en la sucesión de especies del plancton microbiano; (4) identificar los
grupos bacterianos responsables de las síntesis de vitaminas del grupo B en aguas costeras; y
(5) determinar el papel de las bacterias como consumidoras de vitaminas B1 y B12.
DATOS DEL GRUPO DE OCEANOGRAFÍA BIOLÓGICA DE LA UVIGO
El grupo de oceanografía biológica de la Universidade de Vigo está formado por 5 profesores (1
catedrático, 1 profesor titular, 3 profesoras contratadas doctoras y 4 becarios predoctorales y
una técnica contratada. El grupo está adscrito a la Facultad de Ciencias del Mar del Campus de
Vigo y forma parte de la agrupación estratégica Oceanografía‐ECIMAT. El grupo surge de la
colaboración estrecha de sus miembros en proyectos y líneas de investigación relacionadas
con la oceanografía biológica, y más concretamente con la ecología del plancton microbiano.
Los miembros del grupo hemos estudiado durante los últimos años la diversidad, estructura,
metabolismo y dinámica de las comunidades microbianas planctónicas, y su contribución a la
biogeoquímica superficial del océano. La investigación del grupo abarca desde aproximaciones
autoecológicas hasta estudios macroecológicos y desarrolla su investigación mediante un
amplio espectro de aproximaciones, entre las que se incluye la realización de experimentos
tanto en el laboratorio como en mesocosmos, la observación in situ durante campañas
oceanográficas costeras y oceánicas, los meta‐análisis de datos y el modelado numérico.
Durante los últimos años, la investigación de campo se ha centrado fundamentalmente en el
sistema de afloramiento del NO de la Península Ibérica y en las regiones tropicales y
subtropicales de diferentes océanos.
La capacidad investigadora del grupo queda demostrada por las 200 publicaciones SCI en los
últimos 20 años (56 de ellas en los últimos 5 años) en revistas pertenecientes en su mayoría al
primer cuartil del SCI. El índice H del grupo es de 41, con un promedio de 240 citas/año y con
un total de 32 artículos destacados con más de 50 citas.
Los miembros del grupo han dirigido 14 tesis doctorales, 8 de ellas en los últimos 5 años, lo
que demuestra su capacidad formativa.
Para más información contactar con: Eva Teira
Tel: 986 818791
Email: teira@uvigo.es
Dpto. Ecoloxía e Bioloxía Animal ‐ Facultade de Ciencias do Mar (Universidade de Vigo)

PhD opportunity: Thesis on marine microzooplankton

junio 17, 2015

El grupo de Ecología del Zooplancton Marino en el Institut de Ciències del Mar (CSIC) de Barcelona ofrece un contrato a través de la convocatoria de contratos predoctorales 2015 del MINECO. El plazo de solicitud comienza el 15 de junio y finalizará el 29 de junio.

El proyecto de tesis se enmarcará en las líneas de investigación de un proyecto del programa Retos de la Sociedad recientemente subvencionado, “FERMI: Daily feeding rhythms in marine microzooplankton”, cuyo resumen se adjunta a continuación:

Microzooplankton (e.g., protozoans and copepod nauplii) are perhaps the most important grazers on primary producers in the oceans, and responsible for a large share of the transfer of matter and energy towards mesozooplankton, the pivotal link to upper consumers (i.e., fishes) in pelagic marine ecosystems. But in spite of their importance, key aspects related to their trophic behavior and the consequences for biogeochemical cycles and the economy of global pelagic systems are still an incognita. In this regard, one of the less known aspects are circadian feeding rhythms. This is a widespread behavior among large zooplankton (e.g., adult copepods, krill), usually associated to vertical migrations, and crucial for the Ocean carbon balance. Failing to adequately address this behavior will result in biased parameterization of food web transfer efficiency models and, therefore, will limit our capacity to disentangle the effects of climate change in marine ecosystems. In this project we aim at solving some relevant questions on the daily feeding activity of both protozoan and metazoan microzooplankton.

Our main objectives are the following:

  1. To assess the existence of endogenous cycles and the effects of light on microzooplankton feeding
  2. To assess whether light-induced changes in the quality of prey may enhance the intensity of feeding rhythms in microzooplankton
  3. To assess the effects of resource limitation on feeding rhythms
  4. To assess the threatening effect of the predator presence (indirect effects) on the feeding cycles of microzooplankton

Para más información, contactar con uno de los investigadores del proyecto, Albert Calbet: acalbet@icm.csic.es

PhD Opportunity: Thesis on rocky shore ecology in Spain

junio 17, 2015

[SEE ENGLISH SUMMARY AT THE END OF THE POST]

Se ofrece un contrato predoctoral (antigua beca FPI) asociado al
proyecto “Factores determinantes de las contracciones y expansiones en la distribución de especies fundadoras costeras: mejorando las predicciones en escenarios de cambio climático” (CGL2014-60193-P).

Los solicitantes realizarán tanto trabajo de campo en comunidades intermareales, en costas rocosas del cantábrico y atlántico peninsular, como experimentos de laboratorio y modelado (desarrollo de modelos de hábitat).

Se valorará la experiencia en el campo, los conocimientos en ecología costera, técnicas estadísticas y uso de ArcGIS o softwares similares, dominio del inglés, y disposición de carnet de conducir.

El procedimiento para envío de solicitudes y requisitos se indican en la convocatoria publicada en BOE (http://www.boe.es/boe/dias/2015/06/12/pdfs/BOE-A-2015-6508.pdf).

Y en la página web:

http://www.idi.mineco.gob.es/portal/site/MICINN/menuitem.791459a43fdf738d70fd325001432ea0/?vgnextoid=fed2bf0be2c6d410VgnVCM1000001d04140aRCRD&vgnextchannel=a365a2852aaa8210VgnVCM1000001d04140aRCRD&vgnextfmt=formato2&id3=2e42e0096f2dd410VgnVCM1000001d04140a____

Investigadores principales: Rosa M Viejo (rosa.viejo@urjc.es) y Brezo Martínez.

Los solicitantes tienen de plazo de presentación de solicitudes del 15 al 29 de junio de 2015 a las 15:00 horas (hora peninsular española).

Resumen del proyecto: El estudio de los procesos que determinan la persistencia o el cambio en la distribución geográfica de las especies es esencial para proyectar las respuestas bajo escenarios de cambio climático. Cuando estos cambios afectan a especies fundadoras o ingenieros ecosistémicos, darán lugar a una reorganización de las comunidades biológicas. Los factores climáticos representan la limitación más importante en la distribución geográfica de las especies y pueden actuar de forma sinérgica produciendo impactos negativos inesperados. Una poderosa herramienta para predecir los cambios de distribución de las especies en escenarios climáticos, son los modelos de distribución de especies. Sin embargo, estos modelos no exploran los mecanismos fisiológicos y bióticos que condicionan las respuestas biogeográficas, lo que limita su poder predictivo. Tener en cuenta estos mecanismos es especialmente relevante para especies exóticas en fases iniciales de invasión, o para aquellas en las que los factores bióticos son relevantes. Los factores que determinan la distribución de las especies a escalas geográficas amplias pueden ser diferentes a los que operan a escalas regionales. En general, los factores bióticos regionales son más limitantes cuando las condiciones físicas son menos severas. Planteamos la hipótesis de que cuando las especies se están expandiendo, los factores bióticos y de dispersión son importantes, mientras que las especies que se encuentran en una fase de contracción responden al estrés físico. Además, en el límite de distribución de una especie en retracción la presencia de refugios microclimáticos o de adaptación local/aclimatación de las poblaciones marginales pueden reducir los cambios de distribución predichos por modelos bioclimáticos. En las costas, la velocidad del cambio climático es tan alta como en sistemas terrestres y gran parte del CO2 se disuelve, aumentando el nivel de acidificación. Las especies fundadoras de estos sistemas, algas, praderas marinas e invertebrados sésiles, son organismos modelo para el estudio de las respuestas biogeográficas. Recientemente el grupo de investigación de esta propuesta, ha detectado contracciones en la distribución y un descenso de la abundancia de varios macrófitos fundadores de los sistemas costeros españoles, al tiempo que la propagación de especies no autóctonas es un fenómeno común, al igual que a nivel mundial. Los objetivos principales de esta propuesta son: i) determinar los factores físicos y biológicos que influyen en los límites de distribución de 2 macrófitos en retracción y 3 en especies exóticas en expansión (un alga y dos invertebrados) a lo largo de las costas españolas, y ii) mejorar las predicciones sobre las respuestas de la distribución de especies al cambio climático mediante la combinación de modelos de distribución con el conocimiento de los umbrales fisiológicos, la variabilidad inter-poblacional en las respuestas y el papel de los factores bióticos. Para la consecución de estos objetivos, emplearemos un enfoque que combina estudios a dos escalas espaciales, tanto modelos como trabajos experimentales. Desarrollaremos una aproximación para realizar predicciones robustas que consiste en combinar los resultados de los modelos correlativos y el conocimiento sobre los mecanismos fisiológicos y biológicos que determinan la biogeografía de los organismos.

Summary: Disentangling the mechanisms that determine the persistence or change in the geographical distribution of species is essential for projecting responses under climate change scenarios. In the case of foundation species or ecosystem engineers, the shifts in their distribution will entail the re-organization of whole natural assemblages. Climatic factors are the most important drivers of species biogeography and can act synergistically to produce unexpected negative impacts. A powerful tool to predict changes in species distribution under climate change scenarios are species distribution models. However, these models do not explore the underpinning physiological and biotic mechanisms causing biogeographic responses, limiting their predictive power. This occurs for alien species in early stages of invasion, or for those in which the biotic factors are relevant for limiting their range boundary, and thus do not occupy their fundamental niche. The factors that determine the distribution of species at large spatial scales may be different from those operating at regional scales. There is a trend for regional biotic factors to be limiting when the physical conditions are less severe. It can be hypothesized that when species are expanding biotic and dispersion factors are important, while species that are in range contraction respond to physical stress. Moreover, at the contracting margin of a species distribution the presence of microclimate refuges or acclimation/local adaptation of marginal populations could be fundamental to the performance of the species under future climatic conditions and might mitigate predicted range shifts by bioclimatic models. On the coasts, the rate of climate change is as high as in terrestrial systems and much of the CO2 is dissolved, increasing seawater acidification. The foundation organisms of these systems, namely algae, seagrasses and sessile invertebrates, are model organisms for the study of biogeographic responses. Recently, the research group of this proposal has detected distributional contractions and a decrease in the abundance of several foundation macrophytes of the Spanish coastal systems, while the spread of non-native species is a common phenomenon as occurs worldwide. The main goals of this proposal, where 6 scientific research institutions of international excellence take part, are: i) to determine the physical and biological factors influencing the range boundaries of 2 macrophytes with contracting ranges, and 3 expanding exotic species (one algae and 2 invertebrates) along Spanish shores and ii) to improve projections on the responses of species distributions to climate change by combining distribution models with the knowledge on their physiological thresholds, the inter-population variability on the reactions and the role of the biotic interactions. To achieve these goals, our approach will combine broad-scale and fine-grain modeling and experimental studies. We will focus on the responses of potentially invasive alien species. Differences in responses between persistent marginal populations of species in contraction will be also evaluated. Finally we will develop an approach to combine robust projections on the results of correlative models, and knowledge about the physiological and biological mechanisms that determine species biogeography.